一.包含潮霉素的载体比对测序数据

1.从 NCBI 数据库中下载了一些包含潮霉素的载体序列，如下：

2.使用bowie2将测序 reads 比对至载体序列，并利用 Samtools 统计覆盖深度，如下：

3.绘图如下：

二.迭代延伸

1.使用bowtie2将测序数据mapping到目标序列（潮霉素序列）上，使用spades对mapping到的reads进行组装，组装结果作为下一次的目标序列，
重复进行此过程，截至12月23日分析时已进行了22次迭代延伸。

2.在bandage软件中打开第22次的组装结果，使用blast将潮霉素序列以及NCBI 下载的包含潮霉素的载体序列比对到组装结果，结果如下：

其中深棕色是提供的潮霉素，蓝色整体是ncbi上包含潮霉素的载体AB303069.1。

3.具体比对结果如下：（前861bp是延伸出的染色体序列）

三.比对

1.将组装结果的前861bp取出来，上传ncbi进行blast比对，结果如下：

与5号染色体完全匹配，与3号染色体只匹配100多bp。

2.使用mummer软件比对861bp和参考基因组，获得如下结果：

3.查看之前发送的结果，上述位置依旧还是chr5 上的 LOC_Os05g35594基因第二个外显子，如下：

上一次的”总结“部分：