主流程

没有参考基因组，直接根据序列聚类来做。

配置文件：   
perl /share/nas6/xul/program/ddrad/create_profile_for_ddrad.pl -n -i 邮件里路径/2.clean_data/
注意老师给的数据命名，自动生成的名字是文件名字前缀，老师可能另外要求了编号，-n 表示无参，-i 输入所有测序数据所在的所有目录。
如果老师重新命名，可以自己编写了对照表，第一列是老的名字，第二列是新的名字，一一对应，然后 -l 参数修改生成配置文件中的名字。
  
主流程： 
$ nohup perl /share/nas6/zhouxy/pipline/stacks-seq/current/stacks.pip.v2.pl -i ddrad_config.yaml -o analysis &
$ nohup perl /share/nas1/yuj/pipline/stacks-seq/v1.0/stacks.pip.v2.pl -i ddrad_config.yaml -o analysis & # 修改了resub循环数,暂时还没验证好不好用
   
整理结果：
$ perl /share/nas6/xul/program/ddrad/get_result_noref.pl  analysis complete_dir
无分组.不用管treemix结果

$ cp /share/nas6/xul/program/ddrad/html_for_ddrad_noref/ddrad_noref_report.cfg . && realpath ddrad_noref_report.cfg

生成报告:
$ perl /share/nas1/yuj/program/ddrad/html_for_ddrad_noref/ddrad_noref_report.pl -id  complete_dir -cfg ddrad_noref_report.cfg # 测序平台改成novaseq 修改电话号码
# perl /share/nas6/xul/program/ddrad/html_for_ddrad_noref/ddrad_noref_report.pl -id  complete_dir -cfg ddrad_noref_report.cfg

子代与亲本相似度计算(无参简化)

cd xxxx
 python3 /share/nas1/yuj/script/Denovo/calculate_similarity.py -h

  -i1 samples.pop.snp.recode.vcf
  -i2 tags.consensus.fa
  -g relationship.txt    三列,f1 parent1 parent2
  -o similarity_result.txt