1.参考基因组数据准备

1.1 下载ref

## 复制表格中的物种 至 tmp_adv文件(以+号为分割)
编号目录]
awk -F "+" '{ print $2 }' tmp_adv | awk '$1=$1' > list_adv && cat list_adv && down- adv && cd ref_adv/ && cat fasta/* > allref.fa && cd ../
或
python3 /share/nas1/yuj/script/chloroplast/download_genome_from_ncbi.py -f gb -a list_tre # 备用下载

## 把所有组装结果复制过来,受后缀名影响
for i in $( ls analysis/assembly) ;do echo $i;cp analysis/assembly/$i/finish/*.fsa ref_adv/$i.fsa ;done
for i in $( ls analysis/assembly) ;do echo $i;cp analysis/annotation/$i/gene_anno/$i.gbk ref_adv/;done

1.2矫正

1.查看长度  去掉长度明显异常的(如4204项目的高级分析物种掺入了线粒体)
GP-XXX]$ cd ref_adv/fasta && for i in * ;do ir.py -i $i -l;done && cd ../../

2.看nuc程序结果  判断各物种序列情况(ssc反向/整体反向)
$ cd ref_adv && cat fasta/* *.fsa > all.fa && nuc *.fsa all.fa && mum
有问题的转至步骤4注释,其他正常的继续按步骤查看

$ mv xxx ../ && mkdir ann
$ ir.py -i xxx -o xxx.fasta2 # 整体反向调整,获得正确的序列
$ mt_move_pos.py -fa xxx.fasta2 -s 10086
$ cp_ssc.pl -i xxx -o ann/xxx.fasta # ssc反向调整,获得正确的序列

3.看ir程序结果  判断各物种序列情况(是否起点有错)
$ cd fasta/ && for i in *.fasta;do ir $i ;done > ir.log && cd ../ && cat fasta/ir.log

# (单个修改)起点不对,就执行下面两条命令修改 .gbk/.fasta文件
# ref_adv]$ perl /share/nas6/xul/program/chloroplast/bin/cp_format_gbk.pl -f gbk/NC_054249.1.gbk -s 14
# for i in new_gbk/*.gbk;do echo $i;/share/nas6/xul/program/chloroplast/bin/cp_gbk2fasta.pl -i $i -o new_gbk;done

(1)(批量修改)起点不对
ref_adv]
$ python3 /share/nas1/yuj/script/chloroplast/phytree/cp_batch_adjust_genome_start.py -i1 fasta/ -i2 gbk/
$ for i in new_gbk/*.gbk;do echo $i;/share/nas6/xul/program/chloroplast/bin/cp_gbk2fasta.pl -i $i -o new_gbk;done && rm complete2 -r

(2)执行下面命令再检查一遍
ref_adv]$ cd new_gbk/ && for i in *.fasta;do rename "_no_IR" "" $i;done && for i in *.gbk;do mv $i ${i%_no_IR.gbk}.gbk;done && for i in *;do ir $i;done && cd ../
# 可能会出现ir区不是完全相似的情况,但不影响这一步的检查目的

(3)第2步没问题的话,这一步替换原文件夹里的文件
ref_adv]$ \mv -f new_gbk/*.fasta fasta/ && \mv -f new_gbk/*.gbk gbk/ && rm new_gbk -r
# cd ref_adv/fasta/ && for i in *;do ir $i;done && cd ../../
# cd ref_adv/gbk/ && for i in *;do ir $i;done && cd ../../

4.对参考进行重新注释
(1)具体步骤
cd ref_adv/ann
for i in *.fasta;do echo $i;mkdir -p  analysis/assembly/${i%.*}/finish;done
for i in *.fasta;do echo $i;mv $i analysis/assembly/${i%.*}/finish && rename .fasta _FULLCP.fsa analysis/assembly/${i%.*}/finish/$i;done
python3 /share/nas1/yuj/script/chloroplast/get_ann_cfg.py
填上gbk路径
perl /share/nas6/pub/pipline/genome-assembly-seq/chloroplast-genome-seq/v1.2/annotation/bin/chloroplast_annotaion.pl.v2.1.pl -d analysis/assembly/ -i ann.cfg

# 修改注释
cd  ref_adv
python3 /share/nas1/yuj/script/chloroplast/phytree/cp_from_gbk_get_cds_V4.0.py -i gbk/ -o out/ # 提取cds和trna
把需要修改的物种放在archive中
cd fasta/archive && for i in MZ*.fasta;do echo $i;cp ../../cds/"trna_"$i ../analysis/annotation/${i%.1*}/gene_anno;done && for i in MZ*.fasta;do echo $i;cp ../../cds/"cds_"$i ../analysis/annotation/${i%.1*}/gene_anno;done

具体某个物种]$
# 显示trnH-GUG的序列
$ sed -n "$(let a=`awk '/trnH-GUG/{print NR}' trna_*.fasta`+1 && echo $a) p" trna_*.fasta > trnh
$ blastn -query trnh -subject *.fsa -outfmt 6
# 显示trnS-UGA的序列
$ sed -n "$(let a=`awk '/trnS-UGA/{print NR}' trna_*.fasta`+1 && echo $a) p" trna_*.fasta > trns
$ blastn -query trns -subject *.fsa -outfmt 6
# 显示petD的序列
$ sed -n "$(let a=`awk '/petD/{print NR}' cds_*.fasta`+1 && echo $a) p" cds_*.fasta > petD
$ blastn -query petD -subject *.fsa -outfmt 6

(2)若上面做错了,则重新复制到finish
ann]$ for i in $( ls analysis/assembly) ;do echo $i;cp analysis/assembly/$i/finish/* analysis/$i.fasta ;done # 不受后缀名影响
# 然后重复上面(1)步骤

(3)注释完复制过去
cd ann
for i in `ls analysis/assembly/`;do cp analysis/assembly/$i/finish/*.fsa  ../fasta/$i.fasta; cp analysis/annotation/$i/gene_anno/$i.gbk   ../gbk/;done

1.3高级分析配置文件按物种名排序gbk,不依据登录号

## 利用awk提取一下名字
# cd ref_adv/fasta && for i in *.fasta;do awk '{if(NR==1) print $0}' $i;done | awk -F ">" '{ print $2 }' | awk -F ".1_" '{ print $2"""_"""$1""".1" }' && cd -
# print a""b >>> 结果 ab

## 添加一下登录号信息
cd ref_adv
mv gbk gbk2 && mkdir gbk && cd gbk2 && for i in *.gbk;do num=`awk 'NR==1 {print $2}' $i` &&  echo "sed -e '/ORGANISM/s/$/ "$num"/' -e '/\/organism=/s/\"$/ "$num"\"/' "$i" > ../gbk/"$i >> modified1.sh;done && sh modified1.sh && cd ../../

## 给gbk改名
GP-XXX]$ cd ref_adv/gbk && rename .gbk .1.gbk * && cd - # 加上.1,一般不需要
GP-XXX]$ cd ref_adv/fasta && for i in *.fasta;do rename               `awk '{if(NR==1) print $0}' $i | awk -F ">" '{ print $2 }' | awk -F ".1_" '{ print ""$1""".1" }'`       `awk '{if(NR==1) print $0}' $i | awk -F ">" '{ print $2 }' | awk -F ".1_" '{ print $2"""_"""$1""".1" }'`   ../gbk/""`awk '{if(NR==1) print $0}' $i | awk -F ">" '{ print $2 }' | awk -F ".1_" '{ print ""$1""".1" }'`.gbk  ;done  && cd ../../

## 给fasta改名
GP-XXX]$ cd ref_adv/fasta && rename .fasta .1.fasta * && cd - # 加上.1,一般不需要
GP-XXX]$ cd ref_adv/fasta && for i in *.fasta;do rename              `awk '{if(NR==1) print $0}' $i | awk -F ">" '{ print $2 }' | awk -F ".1_" '{ print ""$1""".1" }'`       `awk '{if(NR==1) print $0}' $i | awk -F ">" '{ print $2 }' | awk -F ".1_" '{ print $2"""_"""$1""".1" }'`   ../fasta/""`awk '{if(NR==1) print $0}' $i | awk -F ">" '{ print $2 }' | awk -F ".1_" '{ print ""$1""".1" }'`.fasta  ;done  && cd ../../

2.高级分析

1.获取高级分析配置
perl /share/nas6/pub/pipline/genome-assembly-seq/chloroplast-genome-seq/v1.2/script/advanced.yaml.final.pl -i analysis/ -f ref_adv/fasta -g ref_adv/gbk
# 有默认输出,不用改(如果前面步骤没出错)

2.主流程
$ nohup perl /share/nas6/pub/pipline/genome-assembly-seq/chloroplast-genome-seq/v1.2/script/advanced.analysis/advanced_pip.v1.pl -i analysis/advanced.config.yaml -o analysis/ &

3.检查高级分析结果

3.1Cgview圈图(20230313已去掉/202304加回来)

/share/nas6/pub/pipline/genome-assembly-seq/chloroplast-genome-seq/v1.2/cgview_comparison/cgview_cmp_gbk.pl 
# 对应该程序,但该程序会生成final.xml文件,覆盖掉修改的参数,如高宽参数

/share/nas1/yuj/project/chloroplast/GP-20230131-5554_20230227/analysis/commands_dir/cgview.commands 
# 对应该命令

1.根据物种名排列作图,需要把命令里对应的文件名字改了,文件名改,命令里输入的顺序也要改
analysis/cgview]$ perl /share/nas6/pub/pipline/genome-assembly-seq/chloroplast-genome-seq/v1.2/cgview_comparison/cgview_cmp_gbk.pl -i 物种.gbk -c .../2.1.gbk .../3.1.gbk   -p 物种名 -o ./

2.查看图片,若有重叠
cgview]$ vi maps/cgview_xml/cpDNAsmall.final.xml 
		height="1050" width="1050"  修改高宽参数
cgview]$ java -jar -Xmx1500m /share/nas6/pub/pipline/genome-assembly-seq/chloroplast-genome-seq/v1.2/cgview_comparison/etc/cgview_comparison_tool/bin/cgview.jar -i maps/cgview_xml/cpDNAsmall.final.xml -o cpDNA.cgview_cmp.svg -f svg # 重新绘图

# svg2xxx 下面生成其他两种格式
cgview]$ svg2xxx -t png -dpi 600 cpDNA.cgview_cmp.svg && svg2xxx -t pdf cpDNA.cgview_cmp.svg #cpDNA.cgview_cmp.svg是已有文件

# PS: 最终图里的名字 只与文件名关联

3.2 Kaks选择压力分析

3.2.1 检查结果

# 展示出所有.xls文件大小
irscope]$ cd ../kaks/ && ll */*xls

3.2.2 多物种绘制（植物线粒体程序）

cd analysis/kaks
Rscript /share/nas1/yuj/program/chloroplast/kaks/boxplot_kaks.R gene.kaks.xls  gene.kaks.pdf  && convert -density 300 gene.kaks.pdf gene.kaks.png

3.2.3 自定义作图

1.取出流程里的所有表格并合并
！！！用"_"做分隔符，要单独考虑“NC_”，所以这一步分成了两个文件夹 ！！！
样品编号]
mkdir kaks_plot/nc -p && mkdir kaks_plot/other -p
cp analysis/kaks/*/*.xls  kaks_plot && cd kaks_plot && mv *NC*.xls nc ; mv *.xls other

2.不同项目文件名不一样，"_"的个数也不一样，到时候好好数数把最后一段提取出来
cd other && for i  in *.xls;do tail -n +8  $i | awk   -F "\t" '{print $1 "\t" $5}' | awk   -F "_" '{print $4}' > $i.txt;done 
cd ../nc && for i  in *.xls;do tail -n +8  $i | awk   -F "\t" '{print $1 "\t" $5}' | awk   -F "_" '{print $5}' > $i.txt;done

cd ../ && mv */* ./
python3 /share/nas1/yuj/script/chloroplast/advance/kaks/merged.py -2 # 在这个目录里,就这么运行就行,会生成merged.txt
## 将NA替换为0 
sed 's/NA/0/g' merged.txt > gene.kaks.xls
Rscript /share/nas1/yuj/program/chloroplast/kaks/boxplot_kaks.R gene.kaks.xls  gene.kaks.pdf  && convert -density 300 gene.kaks.pdf gene.kaks.png

cd ../ && mv */* ./
python3 /share/nas1/yuj/script/chloroplast/advance/kaks/merged.py -1 # 在这个目录里,就这么运行就行,会生成merged.txt
## 将NA替换为0 
sed -i 's/NA/0/g' merged.txt # 用命令吧
head_info=`files=$(ls *.xls) && echo -e "${files}" | sed 's/\.all\.gene\.kaks\.stat\.xls//g' | tr '\n' '\t' | sed 's/\t$//'`
cp merged.txt genekaks.txt
sed -i "1i Gene\t$head_info" genekaks.txt
cp /share/nas1/yuj/script/chloroplast/advance/kaks/boxplot_kaks.R ./
Rscript boxplot_kaks.R && convert -density 300 gene.kaks.pdf gene.kaks.png

绘图数据获取，同python箱线图
cp /share/nas1/yuj/script/chloroplast/advance/kaks/kaks_plot.py ./
手动修改程序里的参数再运行
python3 kaks_plot.py

3.3 PI核酸多样性分析

3.3.1 CDS （流程图）

## 完整分析对应以下程序
perl /share/nas6/pub/pipline/genome-assembly-seq/chloroplast-genome-seq/v1.2/script/pi.analysis/pi.analysis.pl 
-i /share/nas1/yuj/project/GP-20220331-4159-1_20220509/analysis/pi/gbk 
-ir 104009-119152,138824-153967 
-p Huperzia_crispata -o 0818 # -p必须是测序样品名

## 仅绘图
perl /share/nas6/pub/pipline/genome-assembly-seq/chloroplast-genome-seq/v1.2/script/pi.analysis/src/plot.pi.pl -i pi.stat.xls -o pi.gene.svg
perl /share/nas1/yuj/pipline/genome-assembly-seq/chloroplast-genome-seq/v1.2/script/pi.analysis/src/plot.pi.pl -i pi.stat.xls -o pi.gene.svg # 去掉旋转

## 检查
kaks]$ cd ../pi && cat pi.stat.xls | sort -k 3 -n
&& display pi.gene.png
pi]$ display pi.gene.png  #看值的大小不超过10,百分之10
pi]$ cat pi.stat.xls 
pi]$ cat pi.stat.xls | cut -f 3 
pi]$ cat pi.stat.xls | sort -k 3 
pi]$ cat pi.stat.xls | sort -k 3 -n  #挑第三列来排序,看第三列最后一个值大小
pi]$ ll mafft/ # 有问题的话找这

3.3.2 Full Genome （非流程）

mafft --auto --quiet --thread 30 allinone.fa > allinone.aln # 有点费时
perl /share/nas6/xul/program/mt2/phytree/gene_tree/src/fasta2line.pl -i allinone.aln -o all.fasta.line
python3 /share/nas1/yuj/script/chloroplast/advance/pi/full_genome_calculate_pi.py all.fasta.line 600 50 > pi.stat.xls # 800 100看起来差不多
python3 /share/nas1/yuj/script/chloroplast/advance/pi/cp_full_genome_pi_plot.py -i pi.stat.xls -o pi.full.png # 4节点运行会报错，cluster节点不会报错
获得的图片没有基因名

http://112.86.217.82:9919/#/tool/alltool/detail/328?tid=112735
上传allinone.fa或all.fasta.line，上传样品gbk文件，参数400，200
获取结果pi.stat.xls、gap_pos_for_real_pos.xls
mamba activate pylatest

python /share/nas1/yuj/script/chloroplast/advance/pi/cp_full_genome_pi_plot.py -i pi.stat.xls -o pi.full.png  -p 0.024  -yl 0.08  -yn 0.008  -xn  8300 # 需要修改边界、阈值
  -i [infile], --infile [infile]
                        infile
  -o [outfile], --outfile [outfile]
                        outfile
  -p [threshold], --pi_value_threshold [threshold]
                        pi大于阈值显示基因名
  -yl [ylim], --y_lim [ylim]
                        Y轴最大值
  -xn [x_tick_interval], --x_tick_interval [x_tick_interval]
                        X轴间隔
  -yn [y_tick_interval], --y_tick_interval [y_tick_interval]
                        Y轴间隔
  -lr [lsc_right], --lsc_right [lsc_right]
                        lsc右边界
  -ir [irb_right], --irb_right [irb_right]
                        irb右边界
  -sr [ssc_right], --ssc_right [ssc_right]
                        ssc右边界

3.4 边界分析

3.4.1 CPJSdraw

## 这一步的两个程序
perl /share/nas6/xul/program/chloroplast/irscope/CPJSdraw/script/create_input_file.pl ref_adv/gbk/*.gbk > irscope/gbk/cfg 
perl /share/nas6/xul/program/chloroplast/irscope/CPJSdraw/bin/CPJSdraw.pl -i irscope/gbk/cfg -o irscope/irscope.svg
## 查找缺失基因
/share/nas1/yuj/script/chloroplast/advance/cp_irscope.py !!!下次优化

1.重新绘制
irscope]
perl /share/nas6/xul/program/chloroplast/irscope/CPJSdraw/bin/CPJSdraw.pl -i gbk/cfg -o irscope.svg

2.修改图片里物种名字
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..156901
                     /db_xref="taxon:2321412"
                     /mol_type="genomic DNA"
                     /organelle="plastid:chloroplast"
                     /organism="Camellia lienshanensis NC_067086.1" #### 改这里

# 一些对高级分析物种gbk的修改同3.4.2

3.4.2 Irscope

# 可能用到的其他脚本:	
/share/nas6/xul/program/chloroplast/bin/cp_format_gbk.pl # 矫正gbk
/share/nas6/xul/program/chloroplast/bin/cp_gbk2fasta.pl # gbk生成fa
/share/nas6/pub/pipline/genome-assembly-seq/chloroplast-genome-seq/v1.2/annotation/src/to_genbank.pl # 生成gbk


$ perl irscope_v3.1.pl -i cfg -p # 对应该步命令,-p假基因
# 1.画假基因图 2.查找所有基因


1.查看边界分析图片
gbk路径,修改的话,要改ref_adv里面的
图画了好几遍,都有问题,排除ref_adv里gbk问题后,一定要注意 cfg里填的ir区域位置,有可能是错的!!!!!!


2.修改cfg文件
2.1序列开头没有ir区的情况
改cfg里的分界,用ir程序的结果,一般情况可以100相似,但有的时候不是完全反向互补,即该物种ir区相似性不是百分百
gbk]$ ir AY916449.1.fasta 
gbk]$ nucmer AY916449.1.fasta AY916449.1.fasta
gbk]$ show-coords out.delta # 获得正确的ir区位置

2.2如果ir区出现在开头,就需要矫正
------ fasta/MH909600.fasta ------
		LSC:14-89921
		IRb:89922-115951
		SSC:115952-134528
		IRa:134529-160545,1-13
perl /share/nas6/xul/program/chloroplast/bin/cp_format_gbk.pl -f .../NC_054249.1.gbk -s 14 # 矫正gbk  -s要设定的正确起始位置
只修改一个文件时,就放在/gbk里不动,运行后生成/gbk/new_gbk/MW039136_no_IR.gbk
如果一堆要修改时,每个文件都新建一个目录放进去,使用时该命令 -i ./gbk

/share/nas6/xul/program/chloroplast/bin/cp_gbk2fasta.pl -i file -o outdir #gbk生成fa
/share/nas6/xul/program/chloroplast/bin/cp_gbk2fasta.pl -d gbk/ -o outdir
填入新的ir区位置


3.查找所有基因
$ perl /share/nas6/xul/program/chloroplast/bin/cp_Annotation.pl -i1 xxx.fasta -i2 .../ref/gbk/xxxxxx.1.gbk # 根据参考gbk查找当前fasta文件的注释

# 以ycf1为例
irscope/gbk]	  
$ cp_annotation_one_gene_by_ref_gbk2.pl -g ycf1 -i1 Quercus_hypargyrea_MW450871.1.fasta -i2 Quercus_hypargyrea_MW450871.1.gbk 
$ vim ycf1
$ blastn -outfmt 6 -query ycf1 -subject Quercus_hypargyrea_MW450871.1.fasta

# editplus修改
# 真正起作用的是CDS那一栏,而假基因没有那一栏,只有gene一栏(旧版本)
# 新版本起作用的是gene一栏,因此rps19要更改
"""ycf1"""
     gene            111629..112653
                     /gene="ycf1"
                     /pseudo
"""rps19(旧版本)"""
     CDS             157301..157579
                     /gene="rps19"
"""rps19(新版本)"""
     gene            136498..136779
                     /gene="rps19"
"""trnH-GUG"""
                     complement(join(1..59,157596..157611)) →→→ complement(157596..157611,1..59)


4.修改图片里物种名字(旧版)
	LOCUS       Hibiscus_syriacus_MH330684.11   161025 bp    DNA     circular   PLN
	DEFINITION  Hibiscus syriacus MH330684.12 chloroplast, complete genome.
	ACCESSION   Hibiscus_syriacus_MH330684.13
	VERSION     .
	KEYWORDS    .
	SOURCE      chloroplast Hibiscus syriacus MH330684.14
	  ORGANISM  Hibiscus syriacus MH330684.15 ########################### 修改此处

5.再次画图
6.根据结果调整显示顺序(可选)  修改cfg里的顺序

3.5 同源性比对

3.5.1 Mauve

pi]$ cat ../annotation/*/gene_anno/*.gbk ../../ref_adv/gbk/*.gbk > ../mauve/all.gbk && cd ../mauve
mauve]$ Mauve &

PS:不显示基因,优先考虑把组装的样品属名简写

1.ALL.GBK里的顺序为默认显示顺序
可以在软件里修改
也可以在文件夹里把gbk全部改成物种名,进行排序

2.运行程序出错的话,指 能打印日志的界面出错
重新cat合并	
  
3.如果发现名字没有加载,太长了,去all.gbk删名字
LOCUS  ACCESSION改这俩,而且一般是我们生成的

   20220303补充:如果没有基因加载,也是物种+登录号名字太长了,改一下
   通常是因为自己重新注释了,流程里用 物种+登录号 作为名字导致的

   20220822补充：如果仅所有参考可加载基因，说明问题出在组装的gbk上
   把组装的属名简写，一般就正常了

   20221012补充：同上

4.图片正常显示,修改名字,查找如下字段
   /organism="       "

   FEATURES        Location/Qualifiers
   source          1..160819
                   /mol_type="genomic DNA"
                   /note="type: DNA"
                   /organelle="plastid:chloroplast"
		           /organism="Pecans5"##################################此处改名字

5.trna跨首尾,图里会出现一条绿色的线,对应位置去掉末尾或者开头部分

6.调整选项
	LCB outlines■
	Similarity plot■
	Similarity ranges■
	Solid LCB coloring
	LCB strikethrough lines■
	LCB connecting lines■
	Chromosome/contig boundaries■
	Show mouse highlighting
	Draw attributes (histograms)■

7.导出图片路径(注意!!!不要选中框里的数值,会自动复制到剪切板)
/share/nas1/yuj/project/GP-20220413-4204_20220418/analysis/mauve/mauve

8.修图 长度显示不完全

3.5.2 mVISTA

1.网站
[VISTA tools](http://genome.lbl.gov/vista/index.shtml)

2.转换注释
 perl /share/nas1/yuj/script/chloroplast/advance/get_mVISTA_format_from_GenBank_annotation.pl -i gbk  -p .gbk # -i输入文件夹 -p输入文件后缀

3.上传所有物种fasta、参考物种注释
把参考物种上传两遍，因为第一个参考作参考后不显示该基因组

4.选择Shuffle-LAGAN比对

5.结果页面，选第一个物种，点击"VISTA-Point"，查看一下

6.结果页面，点击第一个物种右侧pdf下载

3.6全局比对(snp indel)

# 3354项目有全局比对(SNP indel)
analysis]$ cd global_align/
$ perl /share/nas6/pub/pipline/genome-assembly-seq/chloroplast-genome-seq/v1.2/script/global_align/global_align.pl -i 组装出的基因组(一般是第一个) -a 一般是第一个物种注释(没有也可以运行) -r 参考基因组/其他物种1.fa  -o global_align

3.7 基本信息统计

1.genome size
for i in *.fasta;do fl $i;done

2.region length
for i in *.fasta;do perl /share/nas6/pub/pipline/genome-assembly-seq/chloroplast-genome-seq/v1.2/annotation/src/IR_SC_RegionFinder.pl  -i $i  -p ${i%.fasta}   -o ./  & done
for i in *.region.fa;do echo "--------"$i; fl $i;done

3.GC content(%)
for i in *.fasta;do echo $i;ir.py -i $i  -gc |tail -n 2;done

4.Number of genes
for i in *gbk;do st $i;done

四.整理结果

## 标准+高级
perl /share/nas6/pub/pipline/genome-assembly-seq/chloroplast-genome-seq/v1.2/cp_pip_dir.pl -i analysis -o complete_dir &

## 只有高级分析
perl /share/nas6/pub/pipline/genome-assembly-seq/chloroplast-genome-seq/v1.2/cp_pip_dir_only_advance.pl	-i adv_analysis/ -o adv_complete_dir	

:set nu  vim显示行数

五.生成报告

# 配置文件 需要修改
cp /share/nas6/pub/pipline/genome-assembly-seq/chloroplast-genome-seq/v1.2/html_report/cp.report.cfg report.cfg

## 标准+高级分析
perl /share/nas6/pub/pipline/genome-assembly-seq/chloroplast-genome-seq/v1.2/html_report/report2xml.yelvti.pl -id complete_dir -cfg report.cfg

## 只有高级分析
perl /share/nas6/pub/pipline/genome-assembly-seq/chloroplast-genome-seq/v1.2/html_report/report2xml.yelvti_advance.pl -cfg adv_report.cfg -id adv_complete_dir

六.方法描述

# pi
1.方法
pi（核酸多样性）能揭示不同物种核酸序列的变异大小，变异度较高的区域可以为种群遗传学提供潜在的分子标记。
使用mafft软件（--auto模式）对不同物种的叶绿体基因组序列进行全局比对，
使用DnaSP v6.12.03（http://www.ub.edu/dnasp）计算多序列的核酸多样性pi值。

2.结果
    all.aln.fasta是对齐后的序列
    gap_pos_for_real_pos.xls是对齐后的位置（有gap）和原序列的位置对照
    pi.stat.xls是计算的pi值
	style1-pi.full.png是绘制的图片
	style2-pi.stat.png是第二种样式