Raxml-ng

在Linux服务器使用RAxML-NG 批量构建基因树 - 哔哩哔哩

mamba install -c bioconda raxml-ng
micromamba activate base
raxml-ng




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## 主要需要用到的参数

--msa（multiple sequence alignment）输入序列文件

--outgroup 外类群多个外类群以英文逗号分开

--all   表示ML+bootstrap

--model 模型

--bs-trees 自举值bootstrap次数

--prefix 输出文件名前缀

--tree pars{10} rand{10} 搜索树次数默认20次，可自行增加，增加会明显增加运行时间。

# 建一棵树

raxml-ng --msa 10IGSconcatenation.fas --model GTR+I+G4 --outgroup Polystachya1,Polystachya2 --all --bs-trees 1000 --prefix 10IGS

## nohup后台运行，不受断网影响

nohup raxml-ng --msa 10IGSconcatenation.fas --model GTR+I+G4 --outgroup Polystachya1,Polystachya2 --all --bs-trees 1000 --prefix 10IGS 2> 10IGS.raxml.log &

# 查看后台运行进程：ps -u username -eo pid,comm,etime | grep raxml